Tras cursar el bachillerato en su ciudad natal, se formó como profesor de E.G.B. y psicopedagogo en la Universidad de Granada. Se ha dedicado a la Educación de Adultos, actividad en la que fue pionero en la costa granadina y en la que organizó, desde el Centro de Educación Permanente «Juan Rodríguez Pintor», de Motril, talleres de escritura creativa. Colaborador de la revista cultural Guadalfeo durante la década de los ochenta y cofundador y redactor de La Hoja Literaria, ya en la de los noventa, Francisco Ayudarte cultiva la literatura de creación en distintos géneros, en especial la poesía. Su obra poética publicada hasta la fecha no es más que una pequeña parte de su producción, la mayoría de cuyos poemarios permanecen inéditos, entre ellos los titulados Nanas de Adrián (1987), Ecos de casida (1990), Animal urbano (1991), Tacas del agua (1993), En blanco y negro (2015), Terapéutica. Haikus y senryus (2018-2019). Los árboles neuronales (2018), Tatuadas por la rosa y el pájaro (2018), Haigas (2019), Lúdicos amores (2019), Rambla de las Brujas (2019-2020) o Vivir en los gerundios (1984-2020). Algunos de sus poemas vieron la luz, sin embargo, en revistas literarias y antologías poéticas como Antología de la joven poesía motrileña (1986), Cantos al Sur (1989), Antología de poetas motrileños (1993) y Semillas. Caja de Poemas (1996). En 1990 publicó, junto al malogrado Antonio García Maldonado, el «foto-poemario» Motril de fondo, compuesto de «poemas para ver» y «fotos para leer». Sus últimos títulos publicados son: Haikús de estío (2010), una colección de cien instantáneas en forma de haikús, y Las claras sombras del camino saludan al viajero (2019), poemario compuesto por doscientos tankas escritos en colaboración con el poeta Francisco M. Ortega. Como narrador, principalmente en la modalidad de relatos, una breve muestra de ellos ha sido recogida en el libro Cinco minutos antes y otros cuentos (2011). Su novela AdriánAna consiguió un accésit en el primer Certamen Literario Ciudad de Motril, de 1979, aunque todavía permanece inédita. Al año siguiente, su relato La garita se alzó con el primer premio de escritores motrileños en la segunda edición del certamen. Otros relatos suyos, al igual que sus poemas, han sido también distinguidos en diferentes concursos, como el Martín Recuerda, el Villa de Salobreña o el Ciudad de Alhama. En el volumen colectivo 13 relatos sin cuento (Ayuntamiento de Motril, 1997) se incluyen tres de sus narraciones cortas.
En 2004 edita y publica las páginas web Prometeo en la Red y Taller de escritura creativa Guadalfeo; en 2005, la revista digital de creación y pensamiento Insomnio y desde 2007, su blog Otra vez Prometeo: https://rebalaje.blogspot.com.